Deux années se sont écoulées, notre chère Yuna est devenue « Invoqueur ». Le monde connaît désormais une Félicité éternelle. Mais pas sans nuage…

Rikku découvre une mémosphère (une sorte de vidéo) dans laquelle on y distingue Tidus ou du moins, quelqu’un lui ressemblant. Yuna, perplexe, décide de rassembler des indices qui la mèneront jusqu’à une vérité bien sombre… Dans sa quête, elle est accompagnée de Rikku et Paine, à bord d’un vaisseau piloté par les Albatros… Jusqu’où son voyage va-t-elle la mener ?