Après que la porte des ténèbres fut scellée par Riku, le Roi Mickey et Sora, celui-ci promet à Kairi de partir retrouver Riku, pour le ramener avec lui sur l’île du Destin.

De nouveaux ennemis apparaissent comme les Similis, créatures sans Âme. Les plus puissants d’entre eux forment L’Organisation XIII. Cette Organisation veut retrouver un cœur et un esprit, et ils sont à l’origine des Sans-Cœurs…

Sora se réveille après un sommeil d’un an et tout le monde, après que son souvenir ait été effacé de leur mémoire, semble s’être souvenu subitement de lui …

On commence par contrôler Roxas, Simili de Sora, vivant dans la Cité du Crépuscule. Mais pendant ses vacances, des évènements étranges vont se produire !