Rokujo Miharu est un étudiant comme les autres. Cependant, une technique secrète appelée « Shinrabansho » est en lui, recherchée par la plupart des ninjas.

Kumohira, son professeur d’anglais, fait également parti du club de ninjas créé par Kouichi Aizama, un élève. Ces 2 personnes cherchent à aider Miharu pour le protéger des ninjas et lui apprendre à maîtriser son pouvoir.

Le but des méchants ninjas est que Miharu devienne grâce à cette technique, le roi de Nabari : le monde des ninjas.