Rokujo Miharu est un étudiant comme les autres. Cependant, une technique secrète appelée « Shinrabansho » est en lui, recherchée par la plupart des ninjas.
Kumohira, son professeur d’anglais, fait également parti du club de ninjas créé par Kouichi Aizama, un élève. Ces 2 personnes cherchent à aider Miharu pour le protéger des ninjas et lui apprendre à maîtriser son pouvoir.
Le but des méchants ninjas est que Miharu devienne grâce à cette technique, le roi de Nabari : le monde des ninjas.
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